对于对婚生子女进行亲子鉴定，应有其中一方当事人进行申请，而另一方同意，法院才可启动亲子鉴定程序。在另一方不同意进行亲子鉴定时，该方可能需承担不能举证的不利后果。
根据《关于人民法院在审判工作中能否采用人类白细胞抗原作亲子鉴定问题的批复》（以下简称《批复》）这一司法解释，对于婚生子女涉及亲子鉴定问题的，应当注意以下几个问题：
一、法院无权强迫当事人进行亲子鉴定
法院要启动亲子鉴定程序，首先要有当事人一方的申请，其次要征得另一方的同意。在当事人没有申请的前提下，即使法官对案情有所怀疑，也不能主动启动鉴定程序。《批复》规定：“一方当事人要求作亲子鉴定的，或者子女已超过三周岁的，应视具体情况，从严掌握，对其中必须作亲子鉴定的，也要做好当事人及有关人员的思想工作。”在一方当事人申请鉴定，而另一方当事人拒绝鉴定的情况下，根据《批复》从严掌握的原则，法院仍然不能启动亲子鉴定程序。这是因为亲子鉴定需要提供父、母、子三方基因样本来鉴定，基因样本的提供涉及人身权问题，在目前法律没有明确规定的前提下，不能采取强制性的手段获取样本。
二、对于亲子关系应当首先适用婚生子女推定规则
婚生子女，是指在存续期间受胎或出生的子女。按照一般的亲子法原理，凡是在合法婚姻关系存续期间受胎的子女，不管是否在婚姻关系存续期间出生，均为婚生子女；凡是合法婚姻关系存续期间出生的子女，不管是否婚前受胎，也为婚生子女。许多国家的法律对婚生子女的推定制度作了规定，我国虽然没有明确设定婚生子女推定制度，但在审判实践中，将婚姻关系存续期间妻子受胎所生的子女推定为夫妻双方的婚生子女已经成为认定的默认规则。
三、否认父母与子女的婚生关系，需要提供证据证明
有关当事人要求否认父母与婚生子女的关系，目的常常是为了否定相应的权利义务。要对婚生子女进行否认，就需要提供足够的证据来予以推翻。进行亲子鉴定是对婚生子女进行鉴别的最有力的方法和途径，但鉴定结论并不是否认婚生子女的唯一证据。其他具有证明力的证据还包括妻子受孕期间夫妻未曾同居，如在外地工作、患病住院或监内服刑等，或者夫妻反目，分床别寝，或丈夫没有生育能力等证据。
四、一方当事人拒绝鉴定，能否以妨碍举证承担不利的法律后果不能一概而论
父母子女关系是由血缘关系形成的，人的身份关系不能在没有科学依据的情况下随便推定。因此，在一方拒绝鉴定时，应当谨慎适用法律推定。要否认与婚生子女的血缘关系，并且有其他旁证证明存在无血缘关系的可能性，可以按证据规定由拒绝鉴定的一方承担不利后果。若提起鉴定的一方没有其他旁证，仅仅打算以亲子鉴定作为结论依据，在另一方拒绝鉴定的情况下，则不适合适用拒绝鉴定的一方承担不利后果的规定，应推定为婚生子女。